生物安全實驗室消毒滅菌是一個不可缺少的環節，不管是日常使用以后，還是發生污染時，必須需要做相應的滅菌，針對滅菌的方法，可以參考《消毒技術規范》的要求，將滅菌分成以下四大類：

（1）低水平消毒法:只能殺滅細菌繁殖體和親脂病毒的化學消毒劑和通風散氣、沖洗等機械除菌法。如單鏈季銨鹽類消毒劑(苯扎溴銨等)、雙胍類消毒劑如氯己定、中草藥消毒劑和汞、銀、銅等金屬離子消毒劑等。  
     （2）中水平消毒法：是可以殺滅和去除細菌芽孢以外的各種病原微生物的消毒方法，包括超聲波、碘類消毒劑(碘伏、碘酊、氯己定碘等)、醇類和氯已定，醇類和季銨鹽（雙鏈季銨鹽）類化合物的復配消毒劑、酚類等消毒劑等。
     （3）高水平消毒法：可以殺滅一切病原微生物的消毒方法。這類消毒劑應能殺滅一切細菌繁殖體（包括結核分枝桿菌）、病毒、真菌及其孢子和細菌芽孢（除了一些高抗力的細菌芽孢外）。物理消毒法有：紫外線；化學消毒法有：含氯、二氧化氯、過氧乙酸、過氧化氫、含溴消毒劑、臭氧、二溴海因等甲基乙內酰脲類化合物和一些復配的消毒劑等   
     （4）滅菌法：可殺滅外環境中除了一些高抗力的細菌芽孢以外的所有微生物的物理、化學方法。物理方法有：熱力滅菌、電離輻射滅菌、微波滅菌、等離子體滅菌等；化學方法有：甲醛、戊二醛、環氧乙烷、過氧乙酸、過氧化氫和某些復方含氯等化學滅菌劑等 。
      以上生物實驗室化學消毒滅菌方法均需要在規定的條件下，以合適的強度、劑量或濃度和有效的作用時間進行消毒滅菌。生物實驗室消毒滅菌都是直接采用滅菌法，所以就不會使用像醇類、超聲波等方法來滅菌，通常使用的方法包括了高溫滅菌、化學試劑滅菌和輻射滅菌這幾大類，高溫滅菌比如采用高壓滅菌鍋，輻射滅菌比如采用紫外燈，化學試劑滅菌如采用次氯酸鈉、過氧化氫等。